イノベーションボックス税制で知財由来所得はどう計算する？対象取引と自己創出比率を解説

イノベーションボックス税制は、国内で自ら研究開発した知的財産から生じる所得について、一定額を法人税の所得計算から控除できる制度です。

ただし、特許を保有していれば利用できるわけではありません。また、特許を使った製品の売上や、ライセンス収入の30％がそのまま減税される制度でもありません。

対象となる知的財産と取引は限定されており、控除額の計算には、その知的財産が国内の研究開発によってどの程度自己創出されたかを示す比率が使われます。

そのため、制度の検討には税務部門だけでなく、知財部門が管理する特許情報、契約情報及び研究開発の経緯が欠かせません。

制度の全体像

イノベーションボックス税制の主な要件は、次のとおりです。

制度の対象になるかどうかは、「どのような知財を保有しているか」だけでは決まりません。その知財を誰に、どのような契約で譲渡またはライセンスし、どの程度の所得が生じたかまで確認する必要があります。

対象となる知的財産

対象となるのは、一定の特許権と、人工知能関連技術を活用した一定のプログラム著作権です。制度を利用する法人が、原則として2024年4月1日以後に取得または製作したものに限られます。

したがって、企業が広い意味で知的財産と呼んでいるものが、すべて対象になるわけではありません。

商標権、意匠権、ノウハウ、顧客関係及び一般的なソフトウェアなどは、現行制度において単独の対象知財として掲げられていません。また、特許権であっても、取得・製作時期などの要件を満たしているかを確認する必要があります。

「価値のある知財」と「税制の対象になる知財」は同じではありません。知財評価の対象になり得る資産であっても、イノベーションボックス税制では対象外になることがあります。

対象となるのは第三者への譲渡・ライセンス

対象取引は、対象知財を第三者へ譲渡する取引と、第三者に使用させるライセンス取引です。

たとえば、自社で開発した対象特許を独立した国内企業へ譲渡する場合や、第三者にライセンスして使用料を受け取る場合には、制度の対象となる可能性があります。

一方、親会社、子会社などの関連者との間で行う譲渡・ライセンスは、原則として対象外です。グループ内でライセンス料を受け取っているというだけでは、この制度を利用できません。

また、対象特許を使って製造した製品の売上も、それだけで対象になるわけではありません。現行制度は、対象知財そのものの譲渡またはライセンスに係る所得を対象にしています。

一つの契約に、特許ライセンス、製品販売、技術指導、保守などが含まれている場合は注意が必要です。契約金額のうち、どの部分が対象知財のライセンスに対応するのかを区分できなければ、対象となる取引所得の計算が難しくなります。

契約書を作成する段階から、対象知財、使用範囲、契約期間、対価及び他のサービスとの関係を明確にしておくことが重要です。

所得控除額は3段階で考える

制度の計算は、知財関係者向けに簡略化すると、次の3段階で整理できます。

1．対象取引から生じた所得を求める

計算の出発点は、譲渡代金やライセンス収入ではなく、その取引から生じた所得です。

対象取引による収益から、その取引に直接関係する費用を考慮します。複数の知財やサービスを含む契約では、収益だけでなく、費用についても合理的な区分が必要になる場合があります。

2．自己創出比率を掛ける

次に、対象知財に直接関連する研究開発費のうち、適格研究開発費が占める割合を掛けます。

適格研究開発費
÷ 対象知財に直接関連する研究開発費
＝ 自己創出比率

この比率によって、知財由来所得のうち、国内で行った自己の研究開発に対応する部分を絞り込みます。

3．30％を掛ける

自己創出比率を反映した金額に30％を掛けます。

対象となる知財取引の所得
× 自己創出比率
× 30％
＝ 所得控除額の基礎

実際には、その事業年度の所得金額との比較による上限があります。

簡略化した計算例

対象となるライセンス取引から生じた所得が8,000万円で、その知財に直接関連する研究開発費が1億円、うち適格研究開発費が6,000万円だったとします。

自己創出比率は、次のとおりです。

6,000万円÷1億円＝60％

所得控除額の基礎は、次のように計算されます。

8,000万円×60％×30％＝1,440万円

この1,440万円が法人税額から直接控除されるわけではありません。法人税を計算する際の所得金額から損金として控除されます。

実際の申告では、取引所得に対応する費用の範囲、研究開発費の集計期間、知財ごとの配分及び所得金額による上限を確認する必要があります。この例は、制度の基本構造を理解するために簡略化したものです。

自己創出比率が重要になる理由

自己創出比率は、企業が対象知財を国内で自ら研究開発した程度を反映する仕組みです。

対象知財に関係する支出であっても、すべてが適格研究開発費になるわけではありません。他者から対象知財を取得・借受けする取引によって生じた研究開発費、国外関連者への委託試験研究費、国外事業所等を通じて行う事業に係る研究開発費などは、適格研究開発費から除かれます。

つまり、外部から取得した知財や国外の関連者による研究開発への依存度が高ければ、対象取引から所得が生じていても、所得控除の対象額が小さくなる可能性があります。

対象知財と研究開発費の対応関係を説明できない場合も、適切な計算が困難になります。

制度開始前から続く研究開発には特別な計算がある

2027年4月1日前に開始する事業年度では、制度の対象期間が始まる前から進めていた研究開発に直接関連する対象知財が含まれる場合、一定の経過的な計算方法が設けられています。

この場合、対象事業年度と、その開始日前2年以内に開始した各事業年度の研究開発費を基礎として、適格研究開発費の割合を計算します。

制度開始前から進めている研究開発や、2024年度に取得・製作した知財について適用を検討する場合は、通常の計算だけで判断せず、経過措置の対象になるかを確認する必要があります。

知財部門が準備しておきたい情報

制度の検討に必要な情報は、次の4つに分けて管理すると整理しやすくなります。

知財に関する情報

• 特許番号、発明の名称、出願日、登録日
• 対象知財の取得日または製作時期
• 発明者、所属部門
• 関連する研究開発プロジェクト

研究開発に関する情報

• プロジェクトごとの研究開発費
• 研究開発の実施場所
• 共同研究・委託研究の相手先
• 外部から取得・利用した技術
• 委託先が関連者に該当するか

契約に関する情報

• 譲渡・ライセンスの対象となる知財
• 契約相手と自社との関係
• 使用範囲、期間及び地域
• 知財部分の対価
• 製品販売や技術支援など他の取引との区分

収益・費用に関する情報

• 対象取引から生じた収益
• 取引に直接関係する費用
• 他の製品・サービスと共通する費用
• 知財または契約ごとの計算根拠

知財部門が研究開発費を直接計算する必要はありません。しかし、どの特許がどの研究開発から生まれ、どの契約と収益に結び付いているかは、知財部門の情報がなければ整理できません。

まとめ

イノベーションボックス税制は、一定の特許権やAI関連プログラム著作権について、第三者への譲渡・ライセンスから生じた所得の一部を損金算入できる制度です。

適用を検討する際は、次の順序で確認します。

1. 制度の対象となる知財か
2. 第三者への譲渡・ライセンスか
3. 対象取引の所得を区分できるか
4. 対象知財に研究開発費を結び付けられるか
5. 自己創出比率を計算できるか

重要なのは、特許の価値が高いかどうかだけではありません。知財、研究開発、契約及び所得のつながりを資料によって説明できることが必要です。

制度の利用を検討するのであれば、取引が決まってから過去の資料を集めるのではなく、研究開発の段階から関係情報を結び付けて管理することが望まれます。